体育教学部是我院独立建制的二级单位,承担全院学生的体育课程教学任务、运动训练竞赛组织、军事理论教学、学生健康体质测试、早操和课外体育活动等任务。近年来体育教学部老师主持了江苏省体育局课题和院级科研课题2项,参加省厅级课题和国家社科基金课题研究2项,主持院级课程建设1项,体育部老师发表省级以上学术期刊论文50余篇,其中国家核心期刊7篇,并且有多名教师获各级、各类教学成果奖。由于学院组织措施得力,场馆设施保障充分,每年都举办规模大,参赛人数多,比赛竞争激烈的田径运动会。此外,学院还举办“航院好男儿”足球联赛、“HIBA”男子篮球联赛和“跳跃青春”羽毛球巡回赛等群众性体育竞赛活动,参加各级、各类体育比赛的学生运动员每年有4200余人。在江苏省和南通市的篮球、田径、足球、乒乓球、羽毛球、排球、健美操等多项比赛中取得金银铜牌等优异成绩。学院坚持一、二年级学生每天做早操几十年如一日,从不间断,体现学院“半军事管理”和“阳光体育”特色。南通航运职业技术学院定向越野运动队多次参加了“全国学生定向越野精英赛”、“全国学生定向越野锦标赛”等全国性比赛,先后获得8余枚金银铜牌以及“体育道德风尚奖”,由于比赛成绩显著,被授予“2004—2008中国学生定向运动先进单位”,成为江苏省获此殊荣的唯一高职院校。在航海体育课程上采取了与学生毕业后的专业工作需要的专项身体机能和素质相适应的教学手段和方法,使学生的专项体能得到显著增强,有效地促进了航海专业学生整体教学质量和素质的提高。用人单位普遍反映,南通航院毕业生不仅专业技能高,而且身体素质好,专业体能强,在海船上工作时,遇到大风大浪不晕船,能够始终坚守工作岗位,使用单位非常青睐南通航院的毕业生优秀的身体素质和专业体能。

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