南京工程学院体育部成立于2003年3月,由分管教学的副院长直接领导。体育部为处级单位,体育部行政管理机构为正、副主任各1名,直属党支部书记1名。书记负责体育部的党建工作,日常的教学、训练和管理工作由部主任直接管理;副主任协助主任工作。体育部下设五个教研室、二个中心,分别为球类第一教研室、球类第二教研室、球类第三教研室、武体教研室、体质监测教研室、体质测试中心及健身中心,共同承担全校的体育教学、运动训练、体育科研、学生体质健康测试以及全校师生校内外竞赛的组织等各项工作。多年来,体育部坚持党的教育方针,在《学校体育工作条例》和《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》相关文件的指导和学院党政领导的正确领导下,经过全体教职工不懈努力,学校体育工作取得了显著的成绩。

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