学院成立于2001年,由创办于1972年的食品工程系组建而成。现设有食品科学与工程、生物工程、环境工程三个本科专业,食品科学与工程和生物学两个一级学科硕士学位授权点,涵盖食品科学、微生物学、农产品加工及贮藏工程、水产品加工及贮藏工程、食品安全检测与控制、生物化学与分子生物学和生物物理学七个二级学科硕士点,并有农业推广硕士(食品加工与安全领域)和工程硕士(食品工程领域)两个专业学位授权点。学院建有福建省水产品深加工工程研究中心、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、福建省生命科学基础教学示范中心、厦门市食品生物工程技术研究中心、厦门市食品科技研发检测中心、福建省高校水产科学技术与食品安全重点实验室、福建省高校食品微生物与酶工程研究中心、福建省生命科学基础教学示范中心、食品与生物工程综合实验室、食品与生物工程研究所、环境工程研究所等教学科研平台。教学、科研仪器设备总数2200台(套),总价值约3500万元,为教学及科研提供了良好的工作条件。学院现有专任教师68人,其中,“闽江学者”讲座教授2人,教授12;具有博士学位34人,具有硕士学位26人;专任教师中具有高级职称教师占65.2%,具有博士学位教师占50%,具有研究生学历教师占89%。现有省级教学团队1个,省青年五四奖章集体1个,省级教学名师1人,2人入选福建省“百千万”人才,1人入选厦门市拔尖人才。近年来,学院已先后承担了多项国家自然科学基金、国家科技部攻关、国家863、福建省科技计划、厦门市科技计划项目等的科学研究,取得了一批具有较高学术价值、应用价值的科研成果,并逐渐在水产品加工及其基础研究、农副产品保鲜与加工及综合利用、食品发酵工程、食品安全检测技术、海洋生理活性物质资源开发等方面形成了一定的优势与研究特色。

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